Los mecanismos que utiliza la custodia del territorio son muy variados y van desde la sensibilización, las actividades de educación y voluntariado para la gestión responsable, a acuerdos voluntarios para la gestión de fincas que entrañan diferentes niveles de compromiso. Estos acuerdos pueden implicar requisitos legales, la cesión de la gestión de una finca e incluso la adquisición de derechos reales, o la compra de la finca por parte de una entidad de custodia.

Las entidades de custodia utilizan diferentes mecanismos que tienen a disposición en función de su capacidad de actuación de sus recursos, pero en todos los casos buscan el intercambio de opiniones y los acuerdos con los propietarios, ofreciendo a estos la posibilidad de hacerse responsables de los valores que tiene su finca.

Hay que tener presente que en la mayoría de los casos el mantenimiento de una gestión activa por parte de la propiedad es imprescindible de cara a poder hacer una buena custodia del territorio. Razón por la cual el acuerdo de custodia intenta integrar además la actividad económica y productiva de la finca. Así por ejemplo, se pueden conservar determinadas zonas del bosque que son interesantes para especies de fauna al tiempo que ofrecen recursos forestales y/o no forestales que se pueden explotar; o mantener un determinado tipo de cultivo o área de pasto que genere una rentabilidad económica; o preservar márgenes o muretes de piedra seca que son de utilidad para el propietario y además tienen un valor paisajístico.